Lundi, 8 h 15 : un message arrive dans la boîte RH, un arrêt de travail de dix jours est joint. En novembre, ce message se répète vite, avec les premières épidémies de l’hiver. Et à chaque fois, la même question revient au moment de préparer la paie : qu’est-ce que l’entreprise doit verser, à partir de quand, et pendant combien de temps ? Entre les 3 jours de carence de la Sécurité sociale, les 7 jours de carence employeur, le maintien de salaire légal et les règles de votre convention collective, les erreurs sont fréquentes. Deux changements récents s’y ajoutent en 2026 : un plafond des indemnités journalières réévalué et la possibilité de suspendre le maintien de salaire en cas de fraude avérée. Voici la mécanique complète, avec un exemple chiffré.
Ce que dit la loi : deux régimes qui se superposent.
Un salarié en arrêt maladie peut être indemnisé par deux sources différentes, qui ont chacune leurs propres règles :
- La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS), après un délai de carence de 3 jours (article R323-1 du Code de la sécurité sociale).
- L’employeur complète ces indemnités au titre du maintien de salaire légal prévu par l’article L1226-1 du Code du travail, précisé par les articles D1226-1 à D1226-8, après un délai de carence de 7 jours (article D1226-3).
Votre convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir des règles plus favorables : suppression des jours de carence, maintien à 100 %, ancienneté requise réduite. Dans ce cas, c’est la règle la plus favorable au salarié qui s’applique. Vérifiez-la toujours avant d’appliquer le minimum légal.
Les jours de carence : qui paie quoi pendant la première semaine ?
La carence de la Sécurité sociale
Les IJSS ne sont versées qu’à partir du 4ᵉ jour d’arrêt. Les trois premiers jours ne sont donc pas indemnisés par l’Assurance maladie. Ce délai s’applique à chaque nouvel arrêt, mais pas à une prolongation, ni aux arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.
La carence employeur
Le complément employeur légal ne démarre qu’au 8ᵉ jour d’arrêt. Concrètement, sans disposition conventionnelle plus favorable :
- Jours 1 à 3 : aucune indemnisation, ni Sécurité sociale ni employeur ;
- Jours 4 à 7 : IJSS uniquement ;
- À partir du 8ᵉ jour : IJSS plus complément employeur.
C’est pour cette raison qu’un arrêt court coûte peu à l’entreprise en paie directe, mais beaucoup en désorganisation. Le suivi de ces arrêts courts et répétés est un bon indicateur à surveiller, comme nous l’expliquons dans notre article pour calculer le taux d’absentéisme.
Le montant des indemnités journalières en 2026
L’IJSS est égale à 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir des salaires bruts des trois mois précédant l’arrêt, divisés par 91,25. Depuis le 1ᵉʳ avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel.
Ce plafond suit les revalorisations du Smic. Selon l’Assurance maladie, l’indemnité journalière maladie maximale est de 42,97 euros bruts par jour depuis le 1ᵉʳ juin 2026 (elle était de 41,95 euros pour les arrêts débutant entre février et mai 2026). Un salarié bien rémunéré perçoit donc une IJSS nettement inférieure à la moitié de son salaire, ce qui augmente mécaniquement la part du complément employeur.
Le maintien de salaire légal : conditions, taux et durée
Les conditions à remplir
Le salarié bénéficie du complément employeur s’il remplit toutes ces conditions :
- Ancienneté : au moins 1 an dans l’entreprise au premier jour de l’arrêt
- Justificatif : avoir transmis l’arrêt de travail dans les 48 heures
- Prise en charge : percevoir les IJSS
- Lieu des soins : être soigné en France ou dans un État de l’Union européenne ou de l’Espace économique européen.
Les taux et la durée d’indemnisation
Le salarié perçoit 90 % de sa rémunération brute pendant une première période, puis les deux tiers pendant une seconde période de même durée, IJSS comprises (article D1226-1). Ces durées dépendent de l’ancienneté :
- De 1 à 5 ans : 30 jours à 90 %, puis 30 jours aux 2/3.
- De 6 à 10 ans : 40 jours, puis 40 jours.
- De 11 à 15 ans : 50 jours, puis 50 jours.
- Au-delà : 10 jours de plus par tranche de 5 ans, dans la limite de 90 jours pour chaque période à partir de 31 ans d’ancienneté.
Point souvent oublié : ces durées s’apprécient sur 12 mois glissants. Si le salarié a déjà été indemnisé pendant les 12 mois précédents, ces jours sont déduits de ses droits.
La subrogation
Avec la subrogation, l’employeur maintient directement le salaire et perçoit les IJSS à la place du salarié. Elle évite au salarié une baisse brutale de revenus et simplifie la lecture de la fiche de paie. Elle est facultative sauf si la convention collective l’impose.
Exemple chiffré : un arrêt de 20 jours
Prenons un salarié avec 3 ans d’ancienneté, payé 2 500 euros bruts par mois, en arrêt maladie pendant 20 jours calendaires, sans disposition conventionnelle plus favorable. Calcul simplifié :
- IJSS : salaire journalier de base = 7 500 / 91,25 = 82,19 euros, soit une IJSS de 41,10 euros par jour. Versée du 4ᵉ au 20ᵉ jour, soit 17 jours : 698,70 euros.
- Complément employeur : salaire journalier brut = 2 500 / 30 = 83,33 euros ; 90 % = 75,00 euros. L’employeur verse la différence avec l’IJSS, soit 33,90 euros par jour, du 8ᵉ au 20ᵉ jour (13 jours) : 440,70 euros.
- Total perçu pour la période : 1 139,40 euros, contre 1 666,67 euros sans arrêt. Les 3 jours de carence et les jours 4 à 7 non complétés expliquent l’essentiel de l’écart.
La même logique vaut pour les congés : un salarié ne peut pas être obligé de poser des jours de repos pour compenser cette perte. Pour les cas pratiques, voir notre article sur la possibilité de poser des congés pendant un arrêt maladie.
Ce qui change en 2026
- Durée des arrêts encadrée : depuis le 1ᵉʳ septembre 2026, la durée des prescriptions d’arrêt de travail est plafonnée. Nous détaillons ces règles dans notre article sur la durée maximale des arrêts de travail depuis le 1er septembre 2026.
- Fraude avérée : la loi nᵒ 2026-534 du 25 juin 2026 relative à la lutte contre les fraudes sociales et fiscales permet à l’employeur, depuis le 27 juin 2026, de suspendre le complément de salaire légal lorsque l’Assurance maladie l’informe d’une fraude avérée du salarié aux IJSS. Le salarié peut contester cette suspension devant le juge. L’employeur doit aussi transmettre les éléments reçus à l’organisme de prévoyance complémentaire.
- Plafond des IJSS : réévalué avec le Smic, il atteint 42,97 euros par jour depuis le 1ᵉʳ juin 2026.
L’outil RH, pour une paie juste dès le premier jour d’arrêt
Le calcul du maintien de salaire repose sur des données que le service RH doit avoir sous la main : date de début et de fin de chaque arrêt, distinction entre arrêt initial et prolongation, ancienneté exacte, jours déjà indemnisés sur les 12 derniers mois. Dispersées entre des mails, des scans et un tableur, ces informations produisent des erreurs de paie et des régularisations le mois suivant.
Un logiciel de gestion des absences comme Keeple centralise les arrêts maladie avec leur motif et leurs justificatifs, les affiche dans le planning de l’équipe et conserve l’historique par salarié. Les absences remontent vers la paie avec les bonnes dates, et vous disposez des indicateurs pour repérer les arrêts courts et répétés avant qu’ils ne deviennent un sujet d’organisation.
Ce qu’il faut retenir
Sans accord plus favorable, un salarié malade n’est pas indemnisé les 3 premiers jours, perçoit les seules IJSS du 4ᵉ au 7ᵉ jour, puis un complément employeur qui porte sa rémunération à 90 % puis aux deux tiers, sur une durée qui dépend de son ancienneté et s’apprécie sur 12 mois glissants. En 2026, le plafond des IJSS a été réévalué et l’employeur peut suspendre le complément en cas de fraude avérée signalée par l’Assurance maladie. Le vrai enjeu n’est pas le calcul lui-même, mais la fiabilité des données d’absence qui l’alimentent : une date erronée suffit à fausser tout le maintien de salaire.
