Un salarié en arrêt maladie depuis plusieurs semaines transmet un nouveau certificat de prolongation. Jusqu’ici, le service RH se contentait de vérifier la cohérence des dates et de transmettre l’information à la paie. À partir du 1ᵉʳ septembre 2026, cette routine change de nature : la durée de chaque prescription est désormais plafonnée, et le respect de ces plafonds conditionne le versement des indemnités journalières. Un texte réglementaire vient encadrer une pratique jusque-là laissée à la seule appréciation médicale, avec des conséquences directes sur le suivi administratif des absences longues.
Ce que prévoit le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026
Publié au Journal officiel le 13 juin 2026 et applicable à compter du 1ᵉʳ septembre 2026, le décret n° 2026-498 fixe pour la première fois une durée maximale aux arrêts de travail prescrits par un médecin, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste :
- 31 jours maximum pour la prescription initiale ;
- 62 jours maximum pour chaque renouvellement.
Le professionnel de santé conserve une marge d’appréciation : il peut dépasser ces plafonds si l’état de santé du salarié le justifie, à condition de motiver médicalement cette décision directement sur la prescription. Autre nouveauté, la téléconsultation est encadrée plus strictement : une prescription initiale ou un premier renouvellement délivré à distance ne peut excéder 3 jours, sauf lorsqu’il émane du médecin traitant, de la sage-femme référente, ou en cas d’impossibilité avérée de consulter en présentiel.
Le point le plus sensible pour les entreprises concerne le financement : le respect de ces règles conditionne désormais le versement des indemnités journalières de sécurité sociale. En cas de non-respect des durées maximales ou des conditions de prescription, la CPAM peut refuser leur versement au salarié concerné.
Pourquoi cette réforme change la donne pour les services RH
Ce plafonnement ne modifie ni le délai de carence, ni le mode de calcul des indemnités, ni les régimes spécifiques comme les affections de longue durée. Mais il transforme la mécanique administrative des arrêts longs, avec trois effets concrets à anticiper :
- Plus de renouvellements à traiter : un arrêt de trois mois qui tenait auparavant sur un ou deux certificats nécessitera désormais plusieurs prolongations successives, chacune à vérifier et à saisir ;
- Un risque accru sur la subrogation : les entreprises qui avancent le maintien de salaire en subrogation des IJSS s’exposent à des retards ou des refus de versement si un certificat ne respecte pas les nouveaux plafonds, avec un impact direct sur la trésorerie ;
- Des contrôles CPAM renforcés : l’Assurance Maladie devrait mécaniquement intensifier ses vérifications sur les dossiers de longue durée, ce qui suppose une traçabilité plus rigoureuse côté employeur.
Les équipes RH et paie qui géraient jusqu’ici les arrêts maladie au fil de l’eau devront donc structurer un suivi plus systématique, en particulier pour les absences qui dépassent plusieurs mois.
Les bons réflexes pour sécuriser le suivi des arrêts longs
Pour éviter les mauvaises surprises sur les IJSS et fiabiliser le dialogue avec les salariés concernés, quelques réflexes simples permettent d’absorber la réforme sans complexifier inutilement les process :
- Contrôler la présence d’une motivation médicale dès qu’un certificat dépasse 31 ou 62 jours, pour anticiper un éventuel refus de la CPAM ;
- Tracer la date d’échéance de chaque prescription et relancer le salarié suffisamment tôt pour obtenir le certificat de renouvellement avant la rupture de droits ;
- Distinguer les arrêts issus d’une téléconsultation, désormais soumis à une limite de 3 jours hors exceptions, pour éviter de valider par erreur un document non conforme ;
- Fiabiliser le lien avec la paie, notamment en cas de subrogation, pour limiter les décalages de trésorerie si un versement d’IJSS est retardé ;
- Informer les managers et les salariés des nouvelles règles, pour désamorcer les incompréhensions sur des arrêts qui semblent désormais plus fractionnés qu’avant.
Ces réflexes rejoignent une question plus large déjà documentée sur le blog : celle de la frontière entre arrêt maladie et congés payés, et des marges de manœuvre – ou de leur absence – dont dispose l’employeur pendant ces périodes, par exemple sur la question de forcer ou non la pose de jours de congés pendant un arrêt.
L’outil RH qui absorbe la complexité des arrêts longue durée
Multiplier les renouvellements à surveiller, sur plusieurs dizaines de salariés en simultané, devient vite ingérable avec un suivi sur tableur. Un outil de gestion des temps et des absences centralise chaque arrêt et ses prolongations dans une fiche unique, avec les dates clés visibles en un coup d’œil : durée déjà écoulée, échéance du plafond, statut de la subrogation. Les alertes automatiques avant une échéance évitent l’oubli qui ferait basculer un dossier hors des clous du décret, et donc perdre le bénéfice des IJSS.
Au-delà du dossier individuel, la consolidation des données ouvre une vision de pilotage : suivre l’évolution du taux d’absentéisme dans le temps, identifier les services les plus exposés aux absences longues, ou objectiver un dialogue social sur le sujet. C’est aussi l’occasion de revoir la façon dont l’entreprise améliore son suivi de l’absentéisme au global, plutôt que de traiter chaque arrêt comme un cas isolé.
Ce qu’il faut retenir
À compter du 1ᵉʳ septembre 2026, les arrêts de travail sont plafonnés à 31 jours pour la prescription initiale et 62 jours par renouvellement, sauf motivation médicale expresse avec, à la clé, un risque de refus des indemnités journalières en cas de non-respect. Pour les employeurs, l’enjeu n’est pas de contester la mesure mais de fiabiliser un suivi qui va mécaniquement se complexifier : plus de certificats à vérifier, plus d’échéances à ne pas manquer, plus de vigilance sur la subrogation. Les entreprises qui structurent dès maintenant leur traçabilité des arrêts longs éviteront les ruptures de droits évitables et transformeront une contrainte réglementaire de plus en simple routine bien outillée.
